Bendrasis baltymas yra dvigubos spiralės struktūra, o kaip ekstraląstelinės matricos (ECM) struktūrinis baltymas, kolagenas susideda iš trijų polipeptidinių grandinių, sudarančių trigubą spiralės struktūrą arba kolageno domeną, ty kiekviena iš trijų polipeptidinių grandinių yra kairioji. įteiktas. Tada sraigtinė struktūra yra sujungta vandeniliniais ryšiais, kad susidarytų tvirta dešinė superspiralinė struktūra. Unikalios kairiarankės kolageno grandinės yra susipynusios, kad sudarytų dešiniarankę sudėtinę spiralinę kolageno struktūrą. Šis segmentas vadinamas spiraliniu segmentu. Didžiausias spiralinio segmento bruožas yra periodiškas aminorūgščių išsidėstymas (Gly-XY)n, kur X, Y prolino (PrO) ir hidroksiprolino (Hyp) padėtys yra unikalios kolageno aminorūgštys, sudarančios apie 25. procentų ir didžiausias įvairių baltymų kiekis; Kolagene esantis hidroksilizinas (Hyl) yra kituose. Jo nėra baltyme, jis nedalyvauja paruošto kolageno biosintezėje, bet virsta iš prolino (Pro) kolageno peptidinėje grandinėje. kuris buvo susintetintas veikiant hidroksilai.
Tačiau hidroksiprolino ir piroglutamo rūgšties kiekis sausumos žinduolių baltymuose yra labai mažas. Palyginti su sausumos gyvūnais, vandens gyvūnų kolagene yra mažiau prolino ir hidroksiprolino, o sieros turinčio metionino (Met) kiekis yra daug didesnis nei antžeminiame kolagene.
